质谱分析仪是按照离子的质荷比(m/z)不同，分离不同分子量的分子，测定分子量并进行成分和结构分析的一种精密、高效的多功能分析仪器。
一般包括进样系统、离子源、质量分析器、离子检测器、真空系统和数据处理系统。
1. 进样系统：将样品导入质谱仪。可分为直接进样和通过接口两种方式。
1) 直接进样：在室温和常压下，气态或液态样品可通过一个可调喷口装置以中性流的形式导入离子源。
2) 通过接口技术进样：目前质谱进样系统发展较快的是多种色谱-质谱联用的接口技术，将色谱流出物导入质谱，经离子化后供质谱分析。
2. 离子源：是使样品电离产生带电粒子束的装置，离子源是质谱仪的心脏部分。由于离子化所需要的能量随分子不同差异很大，因此，对于不同的分子应选择不同的电离方法。通常称能给样本较大能量的电离方法为硬电离方法，而给样本较小能量的电离方法为软电离方法，软电离方法适用于易破碎或易电离的样本。
3. 质量分析器：在离子源中产生的不同动能的正离子，在加速器中加速，增加能量后在质量分析器将带电离子根据其质荷比加以分离。
4. 离子检测器：检测器接收和检测分离后的离子，并对其输出信号进行放大。
5. 数据处理系统：运用工作站软件控制样品测定程序，采集数据与计算结果、分析与判断结果、显示和输出质谱图、数据储存与调用等。
6. 真空系统：在质谱仪中凡是有样品分子和离子存在的区域必须处于真空状态，以降低背景和减少离子间或离子与分子间碰撞所产生的干扰，且残余空气中的氧气还会烧坏离子源的灯丝。
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